Les coureurs ont renoué avec la haute montagne pour cette douzième étape. Une nouvelle arrivée au sommet attendait le peloton pour entamer une nouvelle séries d'étapes décisives et rudes pour certains. En début d'étape, un groupe de douze coureurs sort de peloton. Bien décidés à faire course en tête, Borut Bozic (Vacansoleil), Arkaitz Duran (Fuji-Servetto), Julien El Farès (Cofidis), Pierrick Fédrigo (Bbox Bouygues Telecom), Bingen Fernandez (Cofidis), Oscar Freire (Rabobank), David Garcia-Dapena (Xacobeo-Galicia), Ryder Hesjedal (Garmin-Slipstream), Stuart O'Grady (Team Saxo Bank), Javier Ramirez (Andalucia-CajaSur), Julian Sanchez (Contentpolis-Ampo) et Alexandre Vinokourov (Astana), s'entendent parfaitement jusqu'à la dernière difficulté du jour et montée finale où Alexandre Vinokourov est un des premiers à lâcher prises et ne terminera finalement jamais cette étape. Profitant d'une avance de six minutes, David Garcia-Dapena fausse compagnie au groupe de tête mais l'Espagnol sera très vite rejoint par Ryder Hesjedal, à six kilomètres du sommet. C'est à ce moment que le peloton engage sérieusement la poursuite et l'écart fond secondes après secondes suite à l'accélération de quelques hommes forts comme Damiano Cunego. Ensuite, viendra le tour de Ezequiel Mosquera, équipier de Garcia-Dapena. L'Espagnol, parti seul à la poursuite de son coéquipier parviendra à maintenir un écart de 20 secondes sur les favors mais le démarrage de Robert Gesink, à deux kilomètres du but sera le bon mais il ne sera pas fatal à l'échappée. Lancé dans un sprint fou, le Néerlandais va échouer pour quelques mètres mais reprendra quand même une dizaine de secondes à Alejandro Valverde pour décrocher la 3ème place du général. L'étape a été remportée par Ryder Hesjedal qui a littéralement décramponné son compagnon d'échappée au sprint.

Classement 12ème étape :

1. Ryder Hesjedal (CAN, Garmin-Slipstream) les 179,3 km en 5h34'31"
2. David Garcia-Dapena (ESP, Xacobeo-Galicia) à 1 sec.
3. Robert Gesink (PBS, Rabobank) à 6 sec.
4. Ezequiel Mosquera (ESP, Xacobeo-Galicia) m.t.
5. Damiano Cunego (ITA, Lampre-NGC) à 16 sec.
6. Alejandro Valverde (ESP, Caisse d'Epargne) m.t.
7. Cadel Evans (AUS, Silence-Lotto) m.t.
8. Ivan Basso (ITA, Liquigas-Doimo) m.t.
9. Tom Danielson (USA, Garmin-Slipstream) m.t.
10. Samuel Sanchez (ESP, Euskaltel-Euskadi) m.t.

Classement général :

1. Alejandro Valverde (ESP, Caisse d'Epargne) en 51h12'38"
2. Cadel Evans (AUS, Silence-Lotto) à 7 sec.
3. Robert Gesink (PBS, Rabobank) à 18 sec.
4. Tom Danielson (USA, Garmin-Slipstream) à 51 sec.
5. Ivan Basso (ITA, Liquigas-Doimo) à 53 sec.
6. Samuel Sanchez (ESP, Euskaltel-Euskadi) à 1'03"
7. Damiano Cunego (ITA, Lampre-NGC) à 2'13"
8. Ezequiel Mosquera (ESP, Xacobeo-Galicia) à 2'14"
9. Daniel Navarro (ESP, Astana) à 3'53"
10. Joaquin Rodriguez (ESP, Caisse d'Epargne) à 4'01"